按照科技部国际合作司的要求，食品院于2016年5月组织开展食品生物技术国际合作基地5年评估工作，对基地2010年8月成立以来在运行管理、主要任务、人才培养、国际科技合作与交流、辐射示范效应、代表性工作成果等方面进行认真总结，编写申报评估材料。
经过科技部国际合作司考核评估和答辩，最终于12月20日顺利通过基地5年评估评审，评估结果为良。评审专家一致认为：基地具备独立开展国际科技合作能力较强，合作渠道较广、对象较多，具备较好的引导和示范作用；团队结构合理，管理高效，人才培养、引进工作到位；基地运行管理机制较为完善、所获政策及资金支持较大，服务保障能力较强。